Архимандрит Ириней израства в семейство на свещеници. Бащата му Константин Попниколов е построил подуенския храм в София. Първоначалното и прогимназиалното образование получава в София. През 1924 г. постъпва в Софийската духовна семинария, след което продължава образованието си в Богословския факултет на Софийския университет. През юни 1931 г. заминава да следва като стипендиант в Кишиневския богословски факултет. През 1934 г. завършва богословие в Кишинев. Кандидатства за стипендия в Рим, където освен Ориенталския институт, записва философия и право.

През 1937 г. е доктор по философия на Римския държавен университет, а езиците, които усвоил са шест – руски, румънски, италиански, френски, немски и английски. Завръщайки се в София, е назначен за учител възпитател в Софийската духовна семинария. На 4 декември 1937 г. е подстриган за монах и ръкоположен за йеродякон, приемайки името Ириней. През 1941 г. е назначен за протосингел на Софийската митрополия. Скоро след това е възведен в архимандритско достойнство.

На 20 септември 1944 г. митрополит Стефан го освобождава от поста протосингел с цел да го спаси. Три дни след това изчезва безследно и никой повече не го вижда.